El origen de IFAECI se remonta a 2009, cuando la Dra. Catherine Bréchignac, ex presidente del CNRS,
visitó oficialmente la Argentina e inició conversaciones con el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva de Argentina (MINCyT)
acerca de la posibilidad de crear un nuevo instituto franco-argentino de investigación conjunta. La investigación relacionada con el clima, que tenía una larga historia de colaboración entre los dos países,
surgió como un tema potencial central de ese nuevo instituto.
El acuerdo de creación de la UMI-IFAECI fue firmado por el CNRS, el CONICET y la UBA en noviembre de 2009.
Las tres instituciones patrocinadoras estuvieron de acuerdo en que la UMI-IFAECI comenzara en 2010 con base en el CIMA.
En ese sentido, IFAECI incluye todo el personal, los recursos y la infraestructura del CIMA.
En consecuencia, el Dr. Mario Nuñez fue designado como el primer director de la UMI-IFAECI y luego fue reemplazado por la Dra. Carolina Vera, en el espíritu de que la dirección de ambas instituciones estuviera a cargo de la misma persona.
En el año 2016, siguiendo ése espíritu la Dra. Claudia Simionato se hace cargo de la direccion, mientras que la Dra. Andrea F. Carril lo hace como Vicedirectora y el Dr. Alexis Hannart como Director adjunto.
La UMI-IFAECI fue creada por el término inicial de 4 años, con opción a posteriores renovaciones por períodos de igual duración.
Durante el año 2010, el CNRS, el CONICET y la UBA designaron a los miembros del Consejo Científico, como se establece en el acuerdo. El Consejo debía asesorar al Director de la UMI-IFAECI en el desarrollo de la Agenda Científica de la Unidad.
Para ello, la Dirección y el Consejo Científico organizaron dos talleres, en diciembre de 2010 y mayo de 2011, de los que participaron un número importante y representativo de científicos de Argentina y Francia.
De esas reuniones, no sólo surgió la base de la Agenda Científica, sino que también se conformó una red de investigadores, incluyendo todos los grupos de CIMA y otros centros del CONICET y la UBA con los que los investigadores del CIMA tenían colaboración.
Desde el año 2019, el Institut de Recherche pour le Développement (IRD) se sumó a la tutela del IFAECI.
Actualmente Pedro Flombaum es el Director del instituto; Diego Moreira, Denisse Sciamarella y François De Vleeschouwer sus directores adjuntos.